Stasiun Bantul dibangun pada tahun 1895 oleh Nederlands-Indische Spoorweg Maatschappij, salah satu perusahaan kereta api pertama di Hindia Belanda. Lalu pada tahun 1973, layanan umum di stasiun ini ditutup dan hanya melayani angkutan tetes tebu.

Pada tahun 1980-an, stasiun ini ditutup total dan tidak lagi digunakan. Stasiun Bantul sudah tidak difungsikan sebagai stasiun dan digunakan oleh masyarakat sebagai tempat berdagang.

Saat ini, bekas rel di sekitar stasiun dan sepanjang Jalan Bantul sudah tidak terlihat lagi. Keberadaan stasiun ini menjadi saksi perkembangan transportasi dan ekonomi di Bantul.

Bangunan Stasiun Bantul menggunakan model atap limasan dan denah bangunan berbentuk persegi panjang. Ukuran bangunan induknya adalah 14 x 4 meter, tingginya 6,2 meter, dengan tritisan di empat sisinya selebar 1,5 meter.

Bagian dalam lantai menggunakan teraso bermotif dengan warna dasar putih dan merah. Arsitektur ini mencerminkan perpaduan antara fungsi dan estetika pada masa kolonial.

Kondisi bangunan Stasiun Bantul masih kokoh dan utuh, tetapi kurang terawat karena digunakan untuk kegiatan sehari-hari masyarakat. Luas bangunan stasiun ini 56 meter persegi dan dulu terbagi menjadi empat ruangan: ruang tunggu penumpang, ruang administrasi dan loket penjualan tiket, ruang gudang, dan toilet.

Stasiun Bantul telah ditetapkan sebagai bangunan cagar budaya berdasarkan keputusan Bupati Bantul No 13 Tahun 2018. Hal ini menunjukkan pentingnya Stasiun Bantul dalam sejarah dan warisan budaya di Kabupaten Bantul.

Stasiun Bantul bukan hanya sekadar bangunan tua, tetapi juga menyimpan cerita tentang perkembangan wilayah ini dan kontribusinya dalam jaringan transportasi dan ekonomi di masa lampau.